题主问：明朝的国营商号与惠民衙门有哪些区别？
历史学狂人郭大师答：我认为两者的区别在于商号性质与薪金形式不同。
首先，明朝国商指的是商号的全部资产皆归朝廷所有，并按照《大明国有商号登记管理条例》规定登记执票的非共商制的经济组织，如工部工建署（原惠民工建局）下属商号建安路桥集团，即相当于现代社会的国营企业。
而惠民商号通常是由朝廷设置的带有一定公益性质的衙门，与行政衙门有所区别，如惠民医馆、惠民药局、慈幼局等等，一般情况下朝廷会给惠民衙门予以财政补助。
其次是薪金形式。
国商的本质是朝廷或者地方官府的商号，其主要目的是为了盈利。
而惠民衙门相当于为百姓服务的非盈利性商号，是为了国家正常运转而设置的以商号性质经营的办事衙门。
由于国商是自负盈亏，所以薪金由国商自理自发，假如商号的经营状况很好，那么国商佣工和管事的薪金就比较高；反之，若商号经营状况不好，那薪金相对也会差些。
而惠民衙门的薪金形式有三种。
一种是全额参照大明的官吏待遇，由朝廷全额财政拨款，像内阁直属惠民衙门大明气象局。
一种是差额的，朝廷拨一部分款，其余由所在惠民衙门承担，像官办医馆、学堂、书院等。
还有一种就是朝廷只管编制，不管薪金，由朝廷给政策，例如各地方上的博物馆、图书馆。
不管是哪种薪金形式，凡拥有正式编制的惠民编职员，年老退休后皆由朝廷财政赡养。
总而言之，若选国商，可择一效益较好之商号，如此薪金会丰厚些，而惠民衙门便是百姓俗称的铁饭碗，相对稳定。
我是学者思勉答：我觉得明朝国商与惠民衙门之间，最核心的区别在于两者的编制不同。
楼上提到了明朝国商的本质——以盈利为目的的且全部资产归朝廷或地方官府所有的商号。
这就注定了明朝国商雇工只能是雇工，就算是掌柜、执事、管事也只是薪金收入接近三、四、五品官员的高级雇工而已。
只有表现特别优异的国商掌柜、执事、管事，才有资格被转入惠民衙门任职，进入惠民衙门任职后表现仍旧优异者，才有可能被转调入行政衙门任职，即俗称的“当官”。
我说到这里，想必题主应该发现了，明朝的惠民衙门比国商更高级，用过去的话说，叫“清贵”。
惠民衙门虽然没有什么油水可言，但其编制却无限接近明朝的官吏，即便一个叫惠民编，一个叫官吏编。
明朝的官吏编制属于行政编制，是指依法履行公职、纳入大明朝廷行政编制、由大明朝廷财政负担俸禄的工作人员。
明朝不论中央或地方上各衙门中除工勤人员以外皆为官吏身份，都属于官吏编制。
至于惠民编制则存在四种，即参官惠民编、全额拨款惠民编、差额拨款惠民编、收支自取惠民编。
参官惠民编的工作岗位是按照官吏的编制来进行管理，但不属于官吏，只是属于惠民衙门的一种编制。